コンテナ建築に必要なメンテナンスは、大きく分けて２つあります。鋼鉄のコンテナ部分と、内装・設備部分です。コンテナ部分のメンテナンスは、主に、鋼鉄の被膜にあたる塗装になります。塗膜は風雨にさらされ、経年とともに薄くなっていきますので、下地塗装（鋼鉄に直接あたる１回目の塗装）が見えてくる前に、５年ほどで再塗装することを奨励しています。予算的には２０フィートタイプ１棟を全面塗装すると２０～３０万の費用がかかります。内装・設備部分のメンテナンスは、一般的な木造住宅と同じで、フローリングが傷ついたり、壁紙が汚れたりといったものに対応したり、土の地面が近い場所で、部材に木材を使用した箇所がある場合には、シロアリ対策をしたりといったものになります。